ホームページテンプレートサービスのテンプレートは無料のホームページテンプレートとは何が違うのですか？

ホームページをプロ仕様のソースコードで作成するという意味では、
見た目以外変わらないといってもいいかと思います。
ただ、ホームページを持つだけが目的なのか？ホームページを使ってビジネスで収益を上げるのが目的なのか？という視点でみますと、SEO対策、成約率のアップなど総合的なマーケティングサポートが受けれるテンプレートは無料では存在しないかと思います。